发酵罐清洗一般都采取四步清洗法
第一步水洗，发酵罐进料前，先用自来水间歇冲洗15分钟。
第二步火碱洗，排净残留水后，用45-50℃、浓度5%的火碱溶液循环清洗30分钟，清洗期间如果碱液浓度降低时要及时补充，循环完毕，回收碱液。
第三步水洗：排净残留碱液后，再用自来水间歇冲洗15分钟，方法同第一步。
第四步双氧水洗：排净残留水后，再用浓度1%的双氧水循环清洗20分钟，方法同第二步，将罐内残双氧水排放干净，关闭排气阀、进出料阀和出酒阀。
清洗发酵罐需要注意的问题
1.洗涤期间，必须打开出酒阀，发酵罐洗涤禁止用热水、次氯酸、氯气等含有氯的消毒剂杀菌。
2.注意防护，操作时必须带防护器具，严禁肢体直接接触碱液和双氧水。
3．如果有CIP清洗系统，在使用时确保CIP罐本身清洁，在其回路上要有过滤系统，既可保证清洗剂的清洁又可防止污垢进入洗涤器造成堵塞。
4、保证洗涤系统运转正常，包括洗球是否通畅，压力是否充足。洗涤过程中应通过管路水压变化，罐底视镜或发酵罐清洗声音的变化来判断洗球工作是否正常。
